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Ici, vous trouverez un bref aperçu de mes travaux et intérêts de recherches passés.
Écologie génomique chez Methylobacterium
Où trouve-t-on Methylobacterium? En gros partout: dans les déchets industriels, dans l'eau potable, dans les systèmes de climatisation, dans les sols irradiés - et même dans votre salle de bain! Mais les plantes sont des hôtes majeurs de Methylobacterium. Chaque plante est couverte de milliards de champignons et de bactéries microscopiques. Certains micro-organismes de cette communauté complexe sont bien sûr des agents pathogènes, mais la plupart d'entre eux sont bénéfiques pour la plante.
Grâce au séquençage à haut débit, nous savons maintenant que Methylobacterium représente environ 1% de la diversité bactérienne associée à la phyllosphère, la partie aérienne des plantes incluant les feuilles. Chaque feuille d'arbre est colonisée par des dizaines d'espèces différentes de Methylobacterium, chacune avec ses propres caractéristiques génétique, sa propre histoire évolutive et sa propre niche écologique dans la communauté microbienne. Les plantes ont une relation symbiotique avec ces bactéries, dont certaines souches sont impliquées dans la protection contre les agents pathogènes, d'autres dans la séquestration des métaux lourds, tandis que d'autres stimulent la croissance des plantes.
Ce qui unit ces bactéries, c'est qu'elles utilisent le méthanol dégagé par les plantes lors de la respiration, comme source de carbone, et c'est pour cette raison que nous pouvons isoler les souches de Methylobacterium du reste de la communauté bactérienne.
Mes recherches sur Methylobacterium sont au croisement de l'écologie microbienne et de la génomique. D'une part, j'étudie les facteurs environnementaux et génétiques qui déterminent la dynamique des populations de Methylobacterium colonisant les arbres. Par ailleurs, je m'intéresse à la reconstruction de l'histoire évolutive des génomes de Methylobacterium afin de comprendre les mécanismes génétiques qui ont permis à ces bactéries de conquérir une grande variété de niches écologiques.
Liens:
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JB Leducq, É Seyer-Lamontagne, D Condrain-Morel, G Bourret, D Sneddon, JA Foster, CJ Marx, JM Sullivan, BJ Shapiro & SW Kembel (2022) Fine-scale adaptations to environmental variation and growth strategies drive phyllosphere Methylobacterium diversity. mBio 13:1 (https://doi.org/10.1128/mbio.03175-21)
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Peyton, A. J., Frischer D, Mueller S, Le T., Schwanes A., Govindaraju A., Shalvarjian K., Leducq J.-B., C. J. Marx, N. C. Martinez-Gomez, J. A. Lee (pre-print) Methylothon: a versatile course-based high school research experience in microbiology and bioinformatics-- with pink bacteria. bioRxiv (https://doi.org/10.1101/2021.09.08.459370)